그 동안 활동연혁을 살펴보면, 1963년 5월 1일에 [대한한의학회보] 창간호가 발간되었으며, 그해부터 학회가 주관하여 전국학술강습회를 개최하였고, 1966년에는 고전정리사업의 일환으로 [동의보감]번역사업과 한의학용어제정사업이 선정되었다. 또한 학회 이사진은 전국 순회 학술강좌를 통하여 한의사의 질을 향상시켰으며, 한의학 도서출판사업 등을 독려하여 한의학 지식을 보급하는데 전력하였다.

1970년대에는 초창기의 기반을 토대로 보다 성숙한 방향으로 학술사업이 진행되어 1970년에는 한방의학용어의 현대화에 기여하는 사업으로 보건복지부로부터 세계보건기구(WHO)에 제출한 [질병상해 및 사인통계분류 병명제정]사업을 의뢰받아 1,000여페이지에 달하는 한방병명을 처음으로 공식 작성하여 그해 7월 6일에 정부에 제출함으로써 한의사의 진단서 작성이 국제적으로 공인될 수 있는 근거를 확보하게 되었다. 당시에는 개정의료법에 의거한 개업한의사 보수교육사업도 학회가 주관하여 1971년부터 활성화되기 시작하였고, 한의학상제도를 만들어 학술연구의 의욕을 높였으며, 외국의 침구학자들을 초청하여 초청강연회도 가졌고, 1973년에는 국내에서는 처음으로 세계침구학술대회를 개최하였다.

1979년에 이르러 학회는 한방의료실태조사 등 정부의 동양의학개발 육성협력사업에도 깊이 참여하여 보건사회부의 예산지원을 한의서 고전 번역 사업을 착수하였는데, 우선 [향약집성방] 85권중 25권이 80년 말에 1차적으로 완역되었다. 번역내용은 국한문 혼용, 처방의 용량은 그램(g)으로 바꾸어 표기하기로 하였다. 2차 사업은 26권부터 50권까지 완료되었다.

또 1978년부터 1979년까지 한방의료 취약성을 보완하고 우수처방을 적극 발굴할 목적으로 [한방기준처방집] 발간사업이 진행되었는데, 연구영역은 임상분야로 하고 대학교수를 연구위원으로 위촉하여 내과, 외과, 신경과, 소아과, 부인과, 침구과에서 임상효능이 높은 것, 적응빈도가 높은 것, 치료효과가 우수한 것, 문헌적 근거가 확실한 것, 객관성이 인정되는 한방을 집대성한 것이었다. 이 사업은 착수한지 5개월만인 1980년 10월 1,433개의 약물처방과 212방의 침구치료법이 수록된 500면짜리 책자로 발간되었으며, 내용을 살펴보면 [중경전서(仲景全書)]이후 현대까지의 한의학 문헌에서 수만 가지의 처방을 분류, 정리하여 현대의료체계와 통일성, 치료효과의 보편성, 진료방면의 과학성에 맞도록 편찬하였다.

그 후 1981년 8월에 보건사회부의 복제허가를 얻어 [한방기준처방집]이란 제목으로 대한한의사협회의 이름으로 발간하였다. 이 한방처방기준처방집은 [동의보감]편찬(1612년)이래 정부지원에 의한 최초의 종합 한방의료 전적으로 평가되고 있다.

또, 1986년에는 해방후 지금까지 40여년간의 한의학 관련 저서 및 각종논문을 총집합하여 정리한 [한국한의학술총람]이 편찬 출간되었는데, 내용을 살펴보면 제 1편에서는 원저, 편저, 번역서를, 제 2편에서는 석 박사학위논문으로, 제 3편에서는 일반논문, 해외발표논문을, 제 4편에서는 임상증례보고를, 제 5편에서는 종성, 보고기록, 인물, 기타를 수록하고 부록에는 인명색인을 넣었다.

1989년에는 한의학저술합동출판기념회를 가졌다. 본학회는 1982년 이후 출판된 한의학 관련저작 및 번역물 일체에 대한 등록을 받아 한의학저술을 통한 학술 진흥에 이바지한 회원들의 노고를 치하하였다.

1999년 대한한의학회의 운영이 독립된 이후, 한의학의 이론 및 기술의 연구발전에 관한 사항, 분과별학회의 인준 및 지도 육성에 관한 사항, 한의학 도서의 수집 및 학술지 발간에 관한 사항, 한의학의 국제교류 및 협조에 관한 사항, 한의학 교육에 관한 사항, 대한한의사협회에서 위임한 사항, 전공의 교육에 필요한 사항, 한의사보수교육에 필요한 사항, 한의사보수교육에 관한 사항을 기본 방침으로 정하여 진행하였다.

2000년대 초반, 현재 우리나라에서 사용되고 있는 한의학 용어를 체계적으로 정리하여 한의학교육, 한방진료, 각종 공문서 작성 등의 표준화에 기여하기 위하여 표준한의학용어제정사업을 수행하였으며 2000년에는 표준한의학용어의 선정원칙을 제정하고, 2002년까지 표준한의학용어 선정 작업을 진행, 2003년부터 2005년까지 대표표제어를 선정하여 정의를 내리는 해설 작업까지 진행하여 이에 대한 결과물로 2006년 「표준한의학용어집」초판을 발간하였다. 이후, 2014년부터는 학회 홈페이지를 통해 「표준한의학용어집」 v2.0 온라인 서비스를 실시하여 신규용어를 제안받거나 학술용어에 대한 회원들의 의견을 수렴하는 과정을 지속적으로 진행해 왔다. 2021년 현재, 대한한의학회 표준위원회에서는 약 20여년간 지속되어온 개정작업을 체계적으로 총정리하여 대표표제어 약 9,700개를 수록한 「표준한의학용어집」 V2.1 발간을 앞두고 있다.

2003년 ‘대한한의학회 학술상’을 제정하여 이로부터 매년마다 전년도에 발행한 학술지에 실린 우수논문을 추천받아 심사절차를 거친 후 대한한의학회 학술상을 시상하였고, 2010년 학술상의 명칭을‘대한한의학회 학술대상’으로 변경하여 한층 위상을 높였으며 현재까지 시상을 진행하고 있다.

2004년 대한한의학회, 대한침구의학회, 전일본침구학회가 한일침구교류협정 합의서를 체결하여 세계적으로도 침구학분야에서의 다양하고 포괄적인 학술활동을 고양하는데 기여할 수 있게 되었으며, 2004년 6월 제1회 한일침구 EBM 워크샵을 시작으로 2016년 6월 제7회 워크샵까지 개최되었다.

2006년 9월 중국 중서의결합학회와 교류협정 체결, 2008년 5월 대만 중화중의학회와 학술교류협정 체결하였으며, 2009년 3월 일본동양의학회와 학술교류협정을 체결하여 매년 양국을 오가며 학술심포지엄을 개최하기로 합의, 2009년부터 2016년에 이르기까지 총 15회에 걸쳐 한일학술교류심포지엄을 개최 하였다.

2013년 3월 23일에는 대한한의학회 창립 60주년을 맞이하여 한의계 및 유관단체 단체장들이 한 자리에 모여 대한한의학회 창립 60주년 기념식을 성황리에 개최하였다. 이 자리에서 대한한의학회는 향후 객관적 지표에 의한 근거중심의 과학화된 한의학, 이를 통한 세계적 경쟁력을 갖춰 나가는 한의학으로 거듭나는데 단합된 자세로 최선을 다할 것을 다짐하였다.

2019년 10월 25일에는 대한한의학회가 ICMART(International Council of Medical Acupuncture and Related Techniques) 2019 총회에서 정식 회원학회로 승인되었다. 2021년 ICMART 제 34회 세계의료침술대회에서 단독으로 한국 세션을 운영하여 한국의 고유 전통의학인 한의학의 우수성을 세계에 널리 알릴 수 있도록 노력하였으며, 2024년 ICMART 국제 학술대회 개최권을 획득함으로써 전 세계의 전문가들이 한국에서 소통할 수 있는 자리를 마련할 계획이다.

현재, 대한한의학회 주요사업으로는 대한한의학회지 발간, 회원학회 활성화 및 회원학회지 발간지원 사업, 대한한의학회 학술대상, 한의학 학술용어제정사업, 한의표준의료행위개발연구사업, EBM연구사업, 전국한의학학술대회 개최, 기획세미나 개최, 대국민홍보 기획포스터 제작 및 배포, 의료분쟁 및 학술적 자문, 일본동양의학회, 전일본침구학회, 중화중의약학회, 대만중화중의학회, 세계중의약학회연합회 및 기타 국제학회와의 학술교류협력사업, 학회 홈페이지 및 웹진관리 사업, 한방전문의고시관련 사항 등의 사업이 진행 중에 있다.

회원학회는 70년대 접어들면서 학회활동이 전문화되면서 대학의 교실을 중심으로 하는 분과학회 활동이 두드러졌다. 이러한 상황 하에서 1984년에는 대한한의학회 산하 분과학회가 11개가 인준되었으며, 매년 회원학회 학회지 발간 및 학술대회 개최 등 전반적인 학회 활동평가를 통해 학회 활성화 및 인준 여부를 체크하고 있다. 1999년 대한한의학회가 한의사협회로부터 운영독립을 시작할 때에는 정회원 분과학회가 22개, 준회원 분과학회가 3개 인준되어 있었으며, 그 후 2013년 보건복지부로부터 사단법인 이관 승인을 받을 당시에는 정회원 분과학회가 36개, 준회원 분과학회가 10개로 학회활동이 활발히 운영되고 있었으며, 2013년 10월 정관이 개정된 이후부터는 분과학회 명칭이 회원학회로 변경되어 2021년 현재, 대한한의학회 산하에는 47개 회원학회가 정식 분과학회로 인준, 4개 예비회원학회가 정회원학회 진입을 위해 등록되어 있는 상태이다

각 학원학회는 년 2회 이상의 학회지를 발간하고 학술 집담회 및 학술연구 발표회를 개최하고 있으며, 국제학술대회 또한 개최하여 한의학의 국제화, 세계화에 이바지하고자 국제학술교류 활동을 활발히 하고 있다.